Please use this identifier to cite or link to this item: http://hdl.handle.net/10889/12504
Title: Identification of RNA binding proteins as candidate therapeutic targets for the treatment of cancer
Authors: Καμζόλας, Ιωάννης
Keywords: RNA binding proteins
Computational analysis
Drug screening
Data collection
Keywords (translated): RNA binding πρωτεΐνες
Υπολογιστική ανάλυση
Καρκινικοί ιστοί
Abstract: RNA binding proteins (RBPs) are proteins that bind to the RNA in cells and form ribonucleoprotein complexes. It is estimated that approximately 7.5% of all protein-coding genes in the human genome code for RBPs and their aberrant expression has profound effects on cellular physiology and the pathogenesis of human disease, including cancer. This thesis is part of a drug target discovery project. The aim of the project is to evaluate the role of RBPs in cancer prognosis and identify RBPs that could be potential drug targets in four types of cancer (lung, gastric, ovarian and breast cancer). Our results reduce the number of RBPs that will be screened as potential novel drug targets. We start with an analysis of the effect of high level expression of known RBPs on cancer patient survival using publicly available RNA expression and patient survival data and continue with a comparison between the gene expression in normal and cancerous tissues. More specifically, the main steps of this study are the following: 1. Identification of RBPs whose mis-expression correlates with poor survival in cancer patients, ranked by statistical significance 2. Prioritization of this hit list, integrating diverse data sources and comparing the difference in expression between normal and cancerous tissues 3. Selection of candidates to be taken forward into drug screening
Abstract (translated): Οι RNA binding πρωτεΐνες (RBPs), είναι πρωτεΐνες που προσδένονται στο RNA των κυττάρων και συμμετέχουν στο σχηματισμό ριβονουκλεοπρωτεϊνικών συμπλόκων. Εκτιμάται ότι περίπου to 7.5% των γονιδίων στο ανθρώπινο γονιδίωμα κωδικοποιούν RBPs, ενώ η μη φυσιολογική έκφρασή τους έχει εμφανείς συνέπειες στην κυτταρική φυσιολογία και την παθογένεση πολλών ανθρωπίνων ασθενειών, συμπεριλαμβανομένου του καρκίνου. Η παρούσα διπλωματική αποτελεί μέρος μιας προσπάθειας για την ανακάλυψη νέων φαρμακευτικών στόχων. Σκοπός είναι η αξιολόγηση του ρόλου που διαδραματίζουν οι RNA binding πρωτεΐνες στην πρόγνωση του καρκίνου και η αναζήτηση πιθανών RBPs που θα μπορούσαν να είναι φαρμακευτικοί στόχοι σε 4 τύπους καρκίνου (καρκίνο του πνεύμονα, του στομάχου, των ωοθηκών και του μαστού). Αρχικά αναλύονται τα αποτελέσματα που έχει η υψηλή έκφραση όλων των γνωστών RNA binding πρωτεϊνών στην επιβίωση των καρκινοπαθών χρησιμοποιώντας δημοσίως διαθέσιμα σύνολα δεδομένων με τα επίπεδα έκφρασης του RNA σε διαφορετικούς τύπους καρκίνου και τα αντίστοιχα δεδομένα επιβίωσης. Στη συνέχεια συγκρίνεται η γονιδιακή έκφραση μεταξύ φυσιολογικών και καρκινικών ιστών, ενώ τελικό στόχο αποτελεί η μείωση του αριθμού των RBPs που θα ελεγχθούν πειραματικά. Συνοπτικά, τα βασικά βήματα της ανάλυσης είναι τα εξής: 1. Εντοπισμός RNA binding πρωτεϊνών, των οποίων η ανώμαλη έκφραση σχετίζεται με το γρήγορο θάνατο των καρκινοπαθών (με βάση τα αποτελέσματα στατιστικής ανάλυσης) 2. Περαιτέρω φιλτράρισμα της επιτυχούς λίστας των RNA binding πρωτεϊνών χρησιμοποιώντας την πληροφορία δεδομένων όπως η διαφορά στην έκφραση μεταξύ φυσιολογικών και καρκινικών ιστών. 3. Επιλογή των κατάλληλων υποψηφίων πρωτεϊνών για drug screening.
Appears in Collections:Τμήμα Ιατρικής (ΜΔΕ)

Files in This Item:
File Description SizeFormat 
Master Thesis.pdf6.77 MBAdobe PDFView/Open


Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.