Please use this identifier to cite or link to this item: http://hdl.handle.net/10889/6073
Title: Στατιστική ανάλυση δεδομένων ιστικών μικροσυστοιχιών
Authors: Δασκαλάκη, Ελευθερία
Issue Date: 2013-06-07
Keywords: Ιστικές μικροσυστοιχίες
Λογιστική παλινδρόμηση
Προγραμματισμός R
Keywords (translated): TMA's microarrays
Logistic regression
R statistics
Abstract: To PTEN δρα ως ογκοκατασταλτικό γονίδιο, μέσω της δράσης του προϊόντος πρωτεΐνης της φωσφατάσης. Η φωσφατάση εμπλέκεται στη ρύθμιση του κυτταρικού κύκλου εμποδίζοντας τα κύτταρα να αναπτυχθούν και έχοντας σαν αποτέλεσμα την υπερβολικά γρήγορη διαίρεση. Το γονίδιο αυτό έχει ταυτοποιηθεί ως ογκοκατασταλτικό και σε αρκετές περιπτώσεις καρκίνων έχουν εντοπιστεί μεταλλάξεις του. Στην παρούσα διπλωματική εργασία, θα μελετηθεί η δράση του PTEN στο αδενοκαρκίνωμα του παχέως εντέρου και θα εξεταστεί η δυνατότητα χρήσης των επιπέδων έκφρασής του σαν βιοδείκτη για το συγκεκριμένο είδος καρκίνου. Σκοπός της παρούσας διπλωματικής είναι με χρήση κλινικών δεδομένων και της έντασης της έκφρασης της πρωτεΐνης του γονιδίου PTEN, να μελετηθεί με στατιστικές μεθόδους η δυνατότητα πρόβλεψης της βαθμοποίησης και της σταδιοποίησης του αδενοκαρκινώματος του παχέος εντέρου. Για τον σκοπό αυτό χρησιμοποιήθηκαν πραγματικά κλινικά δεδομένα 60 ασθενών που προήλθαν από το κυτταρολογικό εργαστήριο του Νοσηλευτικού Ιδρύματος Μετοχικού Ταμείου Στρατού 417 (Ν.Ι.Μ.Τ.Σ.). Τα δεδομένα αυτά αναλύθηκαν με εφαρμογή της περιγραφικής στατιστικής, της λογιστικής παλινδρόμησης και της πολυμεταβλητής παλινδρόμησης με χρήση του στατιστικού πακέτου R. Παρόλα αυτά κανένα από τα εξαγόμενα στατιστικά μοντέλα δεν βρέθηκε να μπορεί να συσχετίσει την ποσότητα έκφρασης του PTEN γονιδίου με τη βαθμοποίηση και τη σταδιοποίηση του αδενοκαρκινώματος του παχέος εντέρου. Για αυτό τον λόγο καταλήγουμε ότι με χρήση των συγκεκριμένων βιολογικών δεδομένων δεν μπορούμε να επαληθεύσουμε ότι το PTEN γονίδιο είναι βιοδείκτης του αδενοκαρκινώματος του παχέος εντέρου. Μελλοντικά αυτό πρέπει να διερευνηθεί περαιτέρω είτε με τη χρήση επιπλέον κλινικών δεδομένων καθώς το υπάρχον σύνολο δεδομένων περιέχει λίγα δείγματα ασθενών σε σχέση με τις ελεύθερες μεταβλητές του προβλήματος (small sample size problem), είτε με μεθόδους που αυξάνουν τεχνητά τα δείγματα του συνόλου δεδομένων.
Abstract (translated): PTEN tumor suppressor gene acts as through the action of the protein product of phosphatase. The phosphatase is involved in regulating the cell cycle by preventing cells to grow and the resulting too rapid division. This gene has been identified as tumor suppressor in several cancers identified mutations. In this paper, we studied the effect of PTEN in adenocarcinoma of the colon and consider the possibility of using the levels of expression as biomarker for this type of cancer. The purpose of this thesis is to use clinical data and the intensity of the protein expression of the gene PTEN and be studied using statistical methods for predict the grade and stage of adenocarcinoma of the colon. For this purpose we used real clinical data of 60 patients who came from the cytology laboratory of the hospital in the Army Pension Fund 417 (N.I.M.T.S.). The data were analyzed using the descriptive statistics, regression and multivariate regression using the statistical package R. However none of the extracted statistical models were found to be correlated to the amount of expression of PTEN gene with grade and stage of adenocarcinoma of the colon. For this reason, we conclude that the use of these biological data can not verify that the PTEN gene is a biomarker of adenocarcinoma of the colon. Future should be investigated further or using additional clinical data as the existing data set contains few patient samples relative to the free variables of the problem (small sample size problem), or by methods that increase artificially the samples in the data set.
Appears in Collections:Τμήμα Μαθηματικών (ΜΔΕ)

Files in This Item:
File Description SizeFormat 
Nimertis_Daskalaki(math).pdf2.95 MBAdobe PDFView/Open


Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.